В Японии - около 700 университетов, включая 425 частных. Общая численность студентов превышает 2,8 млн. человек. Самыми престижными государственными университетами являются Токийский (основан в 1877 году), университет Киото (1897 год) и университет в Осаке (1931 год). За ними в рейтинге следуют университеты Хоккайдо и Тохоку.

Из частных наиболее известны университеты Токийский Международный университет, Тюо, Нихон, Васэда, Мэйдзи, Токай и Кансайский университет в Осаке.

Есть отдельные женские университеты диетологии и питания (например, Kagawa Nutrition University).

Список основных университетов Японии:

• Chiba Institute of Technology
• Chiba University
• Ehime University
• Fukuoka University
• Gifu University
• Gunma University
• Hirosaki University
• Hiroshima Prefectural University
• Hiroshima University
• Hokkaido University
• Iwate University
• Kanazawa University
• Keio University
• Kindai University (Kinki University)
• Kitasato University
• Kobe University
• Kumamoto University
• Kyoto University
• Kyushu University
• Nagasaki University
• Nagoya City University
• Nagoya University
• Nara Institute of Science and Technology
• Niigata University
• Niigata University of Health and Welfare
• Oita University
• Okayama University
• Osaka Prefecture University
• Osaka University
• Saga University
• Saitama University
• Shizuoka University
• Tohoku University
• Tokyo Institute of Technology
• Tokyo Medical and Dental University
• Tokyo Metropolitan University
• Tokyo University of Agriculture
• Tokyo University of Agriculture and Technology
• Tokyo University of Foreign Studies
• Tokyo University of Marine Science and Technology
• Tokyo University of Science
• University of Fukui
• University of Miyazaki
• University of the Ryukyus
• University of Tokyo
• University of Toyama
• University of Tsukuba
• University of Yamanashi
• Waseda University
• Yokohama National University

Сроки обучения в университетах стандартизированы:

1. Бакалавриат высшего образования:
a. В университете полного цикла - 4 года по всем основным направлениям обучения и специальностям. Медики, стоматологи и ветеринары учатся 6 лет. По окончании курса и получении 124 кредитных единиц присуждается степень бакалавра (Gakushi).
b. В университетах ускоренного цикла обучение ведется 2 или 3 года. По окончании курса и получении 62 или 93 кредитных единицы соответственно присуждается степень бакалавра университета ускоренного цикла (TankiDaiGakushi).

2. Магистратура предусматривает углубленную научную и профессиональную специализацию. После 2-летнего обучения по программе, сдачи выпускных экзаменов и защиты диплома выпускнику присуждается степень магистра.

3. Докторантура – 5 лет.

4. Ученая степень по специальности – 2 года.
Характерной особенностью организации учебного процесса в японских университетах является четкое деление на общенаучные и специальные дисциплины. Первые 2 года все студенты получают общеобразовательную подготовку, изучая общенаучные дисциплины - историю, философию, литературу, обществоведение, иностранные языки, а также слушая спецкурсы по своей будущей специальности. За первый 2-годичный период студенты получают возможность глубже вникнуть в суть избранной специальности, а преподаватели - убедиться в правильности выбора студента, определить его научный потенциал. В последние два года студенты изучают избранную ими специальность.

Поступить в государственные университеты можно с 18 лет, закончив 12 лет обучения школы.

Прием для местных и иногда для иностранных студентов проводится в 2 этапа:

1. На первом этапе абитуриенты централизованно сдают "Общий тест достижений первой ступени" (Common Test for University Admissions), который проводится Национальным центром по приему в университеты. Российским абитуриентам для большинства вузов требуется Examination for Japanese University Admission for International Students (EJU). Для программ на английском языке часто не требуется EJU или JLPT, достаточно подтверждения знания английского (обычно TOEFL iBT 70-80).
2. Те, кто успешно выдержал тестирование, допускаются к вступительным экзаменам, проводимым уже непосредственно в университетах. Получившие высшие оценки по тестам допускаются к сдаче экзаменов в самые престижные университеты страны (обычно для обучения на японском JLPT N2/N1 + EJU Japanese 250+).

Для поступления в вузы Японии на бакалавриат российским студентам требуется обучение на подготовительном курсе Jumbi Kyoiku Katei или другом, аккредитованном Министерством просвещения и науки Японии MEXT.